O módulo Inventário de Estoque auxilia na conferência do estoque dos produtos, comparando as informações do sistema Bimer com o estoque físico. Também serve para o lançamento inicial do estoque ou ajuste da quantidade e custo dos produtos. Na prática, o módulo recupera a quantidade e o custo do produto, baseado no custo de reposição ou custo médio, e compara com os valores informados pelo conferente ao gerar o inventário. Conforme as ações do usuário, manterá as informações do sistema Bimer ou alterará o custo e a quantidade em estoque.
O lote de inventário pode ser lançado manualmente ou por leitura de arquivo .txt. Além disso, o Inventário de Estoque exibe os inventários do BIEstoque.
O fluxo operacional do sistema é realizado da seguinte forma: