Configurações matriz
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Na aba Cadastro > Empresa, abra o cadastro da empresa matriz;
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Na aba Geral > Sub aba Centralização marque a opção centralizadora.
Configurações filial
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Na aba Cadastro > Empresa, abra o cadastro da empresa filial;
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Na aba Geral > Sub aba Centralização marque a opção Centralizado;
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Abaixo dessa opção irá habilitar o campo Empresa centralizadora, onde deve-se informar a empresa matriz;
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Após clique em Gravar.
Após essa configuração basta gerar a DEFIS pela aba Federal > DASN.
Caso a filial não tenha movimento ela não será levada.