Quando ocorre o erro
O erro ocorre pois o código 09.01.001 é referente a ausência de risco, portanto não se pode ter ele e outro código vinculado a mesma função.
Como corrigir
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Acesse o DP > aba funcionários.
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Clique em SST > Agentes Nocivos.
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Em seguida verifique se existe algum outro agente nocivo, além do 09.01.001, vinculado a função.
Precisa ser verificado qual é o correto, o código 09.01.001 ou os demais riscos que podem estar vinculados.
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Após ajustar a vinculação, retorne a central do eSocial e localize o evento S-2240 com erro.
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Clique em Detalhes e em seguida Reprocessar.