Entendo a opção: Desconsiderar valores recebidos para o cálculo de médias quando o funcionário trabalhar menos de 15 dias no mês
No mês 05 o funcionário teve comissão, porém trabalhou apenas 10 dias e teve afastamento após.
Com a opção marcada, ao gerar o 13° deste funcionário, o mês 5 será desconsiderado para médias pois o funcionário não trabalhou mais de 15 dias na referência 
Configurando o sistema para desconsiderar para média valores em meses que o funcionário trabalhar menos de 15 dias.
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Acesse o ícone principal do WDP
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Na Aba Décimo Terceiro marque a opção Desconsiderar valores recebidos e os meses para cálculo de médias quando o funcionário trabalhar menos de 15 dias no mês em seguida clique em Gravar;
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Gere normalmente o 13° da empresa - funcionário.
Caso você desmarque esta opção, ao processar o 13° o sistema irá considerar os valores recebidos em meses que em o funcionário trabalhou menos de 15 dias.