A baixa parcial de títulos é feita da mesma forma que a baixa total, basta informar no campo Valor Pago, o valor real que foi pago, sendo um valor menor que o valor total do título.
Será realizada a baixa do valor informado, e será criado um título com o restante que ficou a pagar/ a receber.
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Acesse a aba Financeiro → A receber/A pagar (Conforme o título que irá baixar).
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Localize o título, você pode filtrar por data de emissão, pessoa ou número do título, além de outros filtros avançados disponíveis.
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No campo Valor pago, informe o valor da baixa.
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No final da tela, aparecerão os dados da baixa, informe o banco e data de pagamento, conforme imagem abaixo:
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Clique em Baixar, e o título será baixado.
Para saber a rotina completa, assista esse vídeo.