Você pode configurar uma operação exclusiva, para utilizar apenas em vendas feitas pelo ecommerce, verifique abaixo.
Como Resolver
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No Shop, clique ne aba Vendas
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Clique em Middleware
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Clique em Configurações
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Em Operações, informe a operação dentro do Estado e fora do Estado que quer utilizar.
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Clique em Gravar.