Veja as configurações necessárias para que as notas de compra sejam importadas no Sintegra.
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Acesse no sistema Shop a aba 'Produtos e Serviços'.
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Clique em 'Fiscais' e depois clique em 'Operações'.
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Localize as operações de compra utilizadas nos documentos.
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Para que o documento apareça no Sintegra a opção 'Integrado SPED' precisa estar marcada.
Feito o procedimento, gere novamente o arquivo para processar as informações e as notas serem importadas corretamente.