Após a atualização da nfe 4.0 a tag <nDup> não poderia ter mais o número da nota e sim um sequencial de três caracteres, ex 001, 002, com isso ao importar o xml, se configurado para resgatar do xml importa a parcela com número, porém a partir da versão 9.00.05.00 foi criada a configuração para alterar para número da nota automaticamente.
Estando com am configuração marcada, o sistema pegará o número da nota + parcela ficando da seguinte forma: xxxx-1', 'xxxx-2', 'xxxx-3'.
Siga os passos abaixo para realizar a configuração.
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Acesse o Configurador Bimer;
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Vá na opção estoque / Opções;
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Vá até a oção Nota Fiscal de Entrada / Importar NF-e xml;
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Marque a opção "Atualizar o número do título nas parcelas com o número da nota ao invés do informado no xml".
Não esqueça de fechar o módulo EstNFEntrada e abrir novamente para acatar a configuração.