A duplicidade ocorre quando já existe uma NFe na SEFAZ com a mesma numeração.
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Para corrigir basta selecionar a nota rejeitada por duplicidade e clicar em "detalhar".
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Colocar o número correto da sequência na aba Dados NFe no campo "número".
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Clique em Enviar, para enviar a NFe novamente para a Sefaz com o número correto.
Caso tenha dúvidas com relação ao número que parou na NFe verifique com seu contador junto a SEFAZ.