Este artigo orienta o motivo da diferença de valores entre folha de pagamento e SEFIP, quando é utilizado um evento que tributa apenas INSS ou apenas FGTS.
Resolução
No sistema é possível parametrizar o evento para tributar apenas INSS ou apenas FGTS, bem como no eSocial. Porém o aplicativo da SEFIP leva apenas uma única base para cada funcionário, não sendo possível diferenciar Base de INSS e Base de FGTS.
No aplicativo da SEFIP todo evento que tributa INSS automaticamente tributará FGTS e vice-versa.
Qualquer dúvida poderá verificar diretamente com a SEFIP.