Esse valor de despesas acessórias pode ser lançado por item na NF-e.
Como lançar o valor:
1-Clique em Detalhar a NF-e, na Aba Produtos e serviços.
2- Selecione o produto e clique em Editar.
3-Na parte de baixo da tela terá o campo Total produto → Outras despesas acessórias
4- Após informar o valor clique em 
Caso desejar remover, basta editar e apagar o conteúdo.