Para incluir um valor de frete na sua NF-e, faça o seguinte:
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No Shop, acesse a aba Estoque →
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Clique em
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Coloque os dados de operação, série, cliente/fornecedor normalmente
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Na aba itens, informe no campo Frete o valor correspondente para ser incluído no valor total do documento:
Você também pode informar se o frete é por conta do destinatário ou emitente, basta na aba documento informar no campo Frete por conta.
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Após os procedimentos basta gravar o documento e gerar a NF-e.